Природонаучната експозиция на РИМ-Бургас е единствената по Югоизточното Черноморие. Тя представя геоисторическото развитие и съвременното природно разнообразие на Югоизточна България и съдейства за запазването на уникалната природа. Експозицията разполага с уникалните колекции"Магичният свят на камъка","Флора и фауна на планината Странджа","Птичи ресурси на бургаските влажни зони". Множество образователни програми използват богата информационна база на бургаската Природонаучна експозиция. Тя предлага на младите хора модерен начин да се запознаят с биоразнообразието в Бургаския край чрез снимков и видео материал. За най-любознателните се предлагат еко-клуб, лятно еко-училище и състезание за Купата на Природонаучния музей.